A guarda dos prontuários é permanente. Em instituições que dispõem de prontuários em papel, o Conselho Federal de Medicina estabelece o prazo mínimo de 20 (vinte) anos, a partir do último registro, para a preservação desses prontuários nesse formato. Após esse período, eles deverão ser arquivados eletronicamente em meio óptico, microfilmados ou digitalizados, devendo ser guardados permanentemente.